Create new account

Oprogramowanie

desktop

Elastyczny, modularny system umożliwiający wczesną ocenę potencjału kardiotoksycznego substancji chemicznych. Tox-Comp.net desktop jest platformą zbudowaną z wzajemnie powiązanych elementów: moduł jonowy - umożliwia ocenę potencjału hamowania prądów jonowych w komórkach serca (hERG i inne), matematyczny model komórki lewej komory serca oraz kreator wirtualnych populacji. Wymieniony na końcu element pozwoli na ocenę wpływu zmienności międzyosobniczej na działanie kardiotoksyczne leków. Aby skorzystać z systemu ToxComp proszę się zalogować i przejść do zakładki ToxComp, dostępnej w menu o lewej stronie ekranu.

one

Niezależny program umożliwiający ocenę potencjału hamowania prądu jonowego w kanałach potasowych hERG w komórkach serca. Dane wejściowe obejmują obliczone dla badanych związków właściwości fizyko-chemiczne oraz warunki eksperymentu in vitro. Wynikiem działania jest wartość binarna (IC50 poniżej/powyżej 1 microM) lub wartość pIC50, lub zależność stężenie leku - hamowanie prądu. Program jest zbudowany w oparciu o modele Random Forests oraz sztuczne sieci neuronowe, które dostępne są w repozytorium kodu źródłowego. one został napisany w języku Java i jest niezależny od systemy operacyjnego. Tox-Comp.net one jest dostępny bezpłatnie i rozprowadzany w oparciu o licencję GNU-GPL.

BDTcomparator

BDTcomparator wspomaga wybór optymalnego modelu realizującego klasyfikację binarną lub binarnej procedury diagnostycznej. Uzyskane wyniki predykcji są porównywane ze znanym wyjściem oznaczonym przy użyciu metody uznanej za złoty standard. Program estymuje punktowo oraz przedziałowo dokładność, czułość, specyficzność, dodatnią i ujemną wartość predykcyjną, ilorazy wiarygodności dla dodatniego i ujemnego wyniku predykcji. Ponadto obliczane są porównania parami dla wymienionych powyżej miar. BDTcomparator jest dostępny bezpłatnie do pobrania w wersji dla Linux_x64 lub Linux_x86 lub Win32 w ramach licencji GNU-GPL.